Dr. S. Subramaniam dilahirkan pada 1 April 1953 kepada Sathasivam sebagai penolong pendaftar kesatuan sekerja.[1] Beliau menerima pendidikan awal di Penang Free School, salah satu sekolah terbaik di tanah itu. Beliau berkelulusan Ijazah Sarjana Muda Perubatan dan Sarjana Muda Pembedahan dari Universiti Kebangsaan Singapura (NUS) pada tahun 1978. Selepas tamat pengajian dari NUS, Dr S. Subramaniam segera kembali ke Malaysia untuk berkhidmat di Kementerian Kesihatan di Hospital Daerah di Taiping, Perak. Seperti kebanyakan orang lain yang bekerja keras dalam perkhidmatan awam, beliau juga bergerak dari Taiping, Perak ke Tangkak di Johor dan kemudiannya di Melaka, di mana beliau akhirnya menetap di dalam latihan peribadinya sendiri pada tahun 1985.

Subramaniam ialah ahli dermatologi yang terlatih.[2] Beliau meneruskan amalan perubatannya dengan tumpuan kepada Dermatologi, yang pertama memperoleh Diploma Dermatologi (dengan perbezaan) dari Universiti Wales (UK) pada tahun 1994 dan Keahlian Royal College of Physicians (MRCP) Ireland pada tahun 1998. Kepimpinannya dalam Masyarakat perubatan juga dicerminkan oleh pemilihannya sebagai Presiden Cawangan Melaka Persatuan Perubatan Malaysia (1992 hingga 1994).[3][4]

Dr. S. Subramaniam berkahwin dengan Dr. S. Umarani.